Un agent de la Compagnie est chargé de faire le ménage et de tuer toutes les personnes impliquées de près ou de loin à Scylla, ce livre noir contenant des informations susceptibles de compromettre cette mystérieuse organisation infiltrée à différents niveaux de l'industrie et du gouvernement. Le tueur doit pénétrer la prison fédérale dans laquelle sont détenus Michael et Lincoln pour les abattre. Mais les deux frères ne sont pas en prison. Ils ont passé un marché avec un agent de la Sécurité Intérieure pour neutraliser la Compagnie. Pour cela, ils font équipe avec Sucre, Bellick et Mahone. Il leut faut dans un premier temps retrouver Scylla et décrypter les informations afin de localiser le lieu du casse. Don Self leur présente Roland Glenn, un hacker qui leur sera d'une aide précieuse. Tous doivent collaborer en dépit des rancoeurs toujours tenaces...